La flore intestinale joue un r\u00f4le majeur dans la sant\u00e9 humaine. Au cours de la derni\u00e8re d\u00e9cennie, la fraction virale de la flore intestinale, essentiellement compos\u00e9e de phages infectant les bact\u00e9ries, a gagn\u00e9 en importance. Parall\u00e8lement au d\u00e9veloppement de la m\u00e9tag\u00e9nomique virale, de nombreuses nouvelles familles de phages ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9couvertes. Cependant, depuis la d\u00e9couverte des phages intestinaux par d’H\u00e9relle en 1917, notre compr\u00e9hension de l\u2019influence des phages sur la structure de la flore intestinale demeure limit\u00e9e. Des changements dans la composition de la communaut\u00e9 virale ont \u00e9t\u00e9 observ\u00e9s dans diverses maladies. Toutefois, on ignore actuellement si ces changements refl\u00e8tent une implication directe des phages dans la pathogen\u00e8se ou s\u2019ils r\u00e9sultent simplement de modifications de la composition bact\u00e9rienne. Nous pr\u00e9sentons ici un aper\u00e7u de l\u2019\u00e9tat actuel des connaissances sur les phages intestinaux, leur identit\u00e9, leur mode de vie et leurs effets potentiels sur la flore intestinale. De plus, nous rassemblons les donn\u00e9es cl\u00e9s sur les interactions des phages avec le syst\u00e8me immunitaire, en mettant l\u2019accent sur les d\u00e9couvertes les plus r\u00e9centes. <\/p>\n
Conclusions
\nAu cours de la derni\u00e8re d\u00e9cennie, la m\u00e9tag\u00e9nomique virale a permis d\u2019\u00e9lucider la composition taxonomique et la dynamique de la composante virale de la flore intestinale. Le s\u00e9quen\u00e7age profond et les nouvelles m\u00e9thodes d\u2019assemblage ont permis la description de phages totalement nouveaux. Ces approches ont surtout montr\u00e9 que la composition du virome est tr\u00e8s variable, seule une petite fraction des phages \u00e9tant partag\u00e9e entre les individus. Il n\u2019est pas surprenant que les virus les plus fr\u00e9quents infectent les esp\u00e8ces de Bacteroides et de Clostridiales, qui dominent le microbiote. Parall\u00e8lement, des exp\u00e9riences sur des animaux dot\u00e9s d\u2019un microbiote simplifi\u00e9 ont permis d\u2019explorer les interactions antagonistes phages-bact\u00e9ries dans l\u2019intestin et ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 des r\u00e9sultats variables. Pour certains couples phages-bact\u00e9ries, l\u2019environnement intestinal prot\u00e8ge d\u2019une certaine mani\u00e8re les bact\u00e9ries, et seule une petite partie des bact\u00e9ries g\u00e9n\u00e9tiquement sensibles est tu\u00e9e par leurs phages sp\u00e9cifiques. Dans d\u2019autres cas, la majeure partie de la population bact\u00e9rienne sensible aux phages est remplac\u00e9e en quelques jours par des mutants r\u00e9sistants, ce qui indique une infection phagique tr\u00e8s efficace. Par cons\u00e9quent, il reste difficile de pr\u00e9dire quel r\u00e9sultat pr\u00e9vaudra dans le microbiote naturel complexe. Des traces de pr\u00e9dation par les phages peuvent \u00eatre trouv\u00e9es dans les g\u00e9nomes des bact\u00e9ries intestinales, mais ces traces pourraient \u00eatre dues \u00e0 une faible mortalit\u00e9 induite par les phages. Une faible pr\u00e9dation par les phages pourrait n\u00e9anmoins \u00eatre cruciale pour fa\u00e7onner la composition et la fonctionnalit\u00e9 du microbiote en influen\u00e7ant l\u2019\u00e9volution bact\u00e9rienne par le transfert horizontal de g\u00e8nes, mais aussi en favorisant la diversit\u00e9 bact\u00e9rienne. Sur des \u00e9chelles de temps \u00e9cologiques plus courtes, l\u2019influence des phages est moins bien \u00e9tablie. En particulier, le r\u00f4le des phages dans les dysbioses accompagnant divers \u00e9tats pathologiques n\u2019est pas encore suffisamment d\u00e9fini. Gr\u00e2ce aux progr\u00e8s r\u00e9cents dans la d\u00e9termination des couples phages-bact\u00e9ries, des \u00e9tudes longitudinales peuvent d\u00e9sormais \u00eatre men\u00e9es pour identifier les relations possibles entre les d\u00e9calages temporels chez les bact\u00e9ries et les phages associ\u00e9s, et pour d\u00e9terminer si les phages contribuent \u00e0 la dysbiose et \u00e0 la maladie ou si, au contraire, ils peuvent contribuer au maintien de la stabilit\u00e9 du microbiote en pr\u00e9servant la diversit\u00e9 bact\u00e9rienne. <\/p>\n
D\u2019autres \u00e9tudes sont \u00e9galement n\u00e9cessaires pour prouver d\u2019\u00e9ventuelles interactions directes des phages avec les cellules immunitaires et pour d\u00e9finir si et comment de tels effets directs modifient la composition du microbiote bact\u00e9rien et peuvent influencer la sant\u00e9 ou la maladie de l\u2019h\u00f4te. La d\u00e9finition des m\u00e9canismes qui d\u00e9terminent l\u2019issue des interactions phages-bact\u00e9ries dans l\u2019intestin est particuli\u00e8rement importante dans la perspective de la phagoth\u00e9rapie qui, pour citer Br\u00fcssow,125 \u00ab est sans aucun doute une approche int\u00e9ressante au probl\u00e8me de la r\u00e9sistance aux antibiotiques et m\u00e9rite une recherche accrue afin de sortir de la confrontation st\u00e9rile entre l\u2019enthousiasme de l\u2019Est et le scepticisme persistant de l\u2019Ouest \u00bb. <\/p>\n
Traduction de la source : https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41385-019-0250-5<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
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