Apr\u00e8s avoir analys\u00e9 des mati\u00e8res f\u00e9cales humaines, les scientifiques ont identifi\u00e9 54\u202f118 esp\u00e8ces de virus, dont la plupart se sont r\u00e9v\u00e9l\u00e9s \u00eatre des virus de bact\u00e9ries \u2014 des bact\u00e9riophages<\/p>\n
Ces derniers temps, l\u2019int\u00e9r\u00eat des scientifiques pour le microbiote humain \u2014 les micro-organismes qui vivent sur notre peau et nos muqueuses et qui ont une influence consid\u00e9rable sur notre sant\u00e9 \u2014 ne cesse de cro\u00eetre. La plus grande quantit\u00e9 de flore symbiotique vit peut-\u00eatre dans l\u2019intestin humain : elle participe \u00e0 la digestion des aliments, \u00e0 la protection contre les agents pathog\u00e8nes, \u00e0 la maturation du syst\u00e8me immunitaire et \u00e0 la modulation de son activit\u00e9, et influence m\u00eame l\u2019activit\u00e9 nerveuse sup\u00e9rieure. <\/p>\n
Aujourd\u2019hui, le microbiote intestinal humain est l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me microbial le mieux \u00e9tudi\u00e9 au monde, bien que plus de 70 % des esp\u00e8ces bact\u00e9riennes n\u2019aient pas encore \u00e9t\u00e9 cultiv\u00e9es en laboratoire. Cela est connu gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019utilisation de m\u00e9thodes de m\u00e9tag\u00e9nomique \u2014 l\u2019analyse g\u00e9n\u00e9tique de mat\u00e9riel pr\u00e9lev\u00e9 dans un environnement sp\u00e9cifique. La s\u00e9quence de l\u2019ADN total d\u2019un tel mat\u00e9riel fournit un \u00ab clich\u00e9 \u00bb instantan\u00e9 de tous les \u00eatres vivants apparus dans l\u2019\u00e9chantillon \u00e0 un moment donn\u00e9. La m\u00e9tag\u00e9nomique a montr\u00e9 \u00e0 quel point la science moderne est encore loin d\u2019identifier et d\u2019isoler toutes les bact\u00e9ries intestinales, et encore plus loin de comprendre les virus intestinaux. <\/p>\n
Les scientifiques ont utilis\u00e9 des programmes informatiques pour analyser 11\u202f810 m\u00e9tag\u00e9nomes d\u2019\u00e9chantillons de selles provenant de personnes de 24 pays *. Leur objectif \u00e9tait de d\u00e9terminer quelle proportion des g\u00e9nomes des habitants de l\u2019intestin sont des virus. Le r\u00e9sultat de l\u2019\u00e9tude a \u00e9t\u00e9 la cr\u00e9ation du catalogue Metagenomic Gut Virus, qui est \u00e0 ce jour la ressource la plus compl\u00e8te de ce type. Le catalogue contient 189\u202f680 g\u00e9nomes viraux, repr\u00e9sentant plus de 50\u202f000 esp\u00e8ces de virus. Fait int\u00e9ressant, plus de 90 % d\u2019entre eux sont inconnus de la science. Ensemble, ils codent plus de 450\u202f000 prot\u00e9ines diff\u00e9rentes, qui peuvent \u00eatre utiles ou nocives pour les bact\u00e9ries et, par cons\u00e9quent, avoir l\u2019un ou l\u2019autre effet sur l\u2019\u00eatre humain. <\/p>\n
L\u2019\u00e9l\u00e9ment g\u00e9n\u00e9tique le plus courant dans les g\u00e9nomes de phages analys\u00e9s sont les r\u00e9tro\u00e9l\u00e9ments g\u00e9n\u00e9rateurs de diversit\u00e9 (DGR). Ils provoquent des mutations dans certains g\u00e8nes cibles afin de cr\u00e9er, dans la course \u00e9volutive avec les bact\u00e9ries h\u00f4tes, le plus grand nombre possible de variantes pour la s\u00e9lection constante des plus optimales. <\/p>\n
Apr\u00e8s l\u2019identification, les phages devaient \u00eatre associ\u00e9s aux bact\u00e9ries h\u00f4tes. Pour ce faire, les scientifiques ont utilis\u00e9 les fonctions du syst\u00e8me CRISPR \u2014 une sorte de syst\u00e8me immunitaire bact\u00e9rien qui se \u00ab souvient \u00bb des infections virales et emp\u00eache leur r\u00e9apparition. Les bact\u00e9ries copient et stockent des fragments de g\u00e8nes viraux dans leur propre g\u00e9nome afin de reconna\u00eetre et de d\u00e9truire le virus en cas de nouvelle invasion. Ces copies permettent d\u2019identifier quelles bact\u00e9ries sont les h\u00f4tes des phages dans l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me intestinal. <\/p>\n
Naturellement, les esp\u00e8ces de virus les plus courantes dans l\u2019intestin ont \u00e9t\u00e9 associ\u00e9es aux esp\u00e8ces de bact\u00e9ries les plus courantes dans cet \u00e9cosyst\u00e8me \u2014 principalement des repr\u00e9sentants des types Firmicutes et Bacteroidota.<\/p>\n
Quelle est l\u2019utilit\u00e9 de la recherche sur les virus intestinaux ? Un domaine d\u2019application tr\u00e8s prometteur des informations obtenues est la phagoth\u00e9rapie, \u00e0 savoir l\u2019influence cibl\u00e9e sur le microbiote humain \u00e0 l\u2019aide de bact\u00e9riophages. Alors que l\u2019alimentation, les antibiotiques, les probiotiques, les pr\u00e9biotiques et d\u2019autres approches modernes ont un effet g\u00e9n\u00e9ral non sp\u00e9cifique sur le microbiote, la phagoth\u00e9rapie peut offrir une mod\u00e9lisation subtile de sa composition. Les phages peuvent, par exemple, constituer un traitement efficace contre une infection \u00e0 Clostridioides difficile, qui se d\u00e9veloppe principalement \u00e0 la suite d\u2019une antibioth\u00e9rapie de longue dur\u00e9e. <\/p>\n
Bien que les auteurs disposent d\u00e9j\u00e0 d\u2019une mine d\u2019informations sur les virus qui composent le microbiote intestinal humain normal, ils admettent n\u2019avoir \u00ab fait connaissance \u00bb qu\u2019avec une petite partie de ce vaste \u00ab univers \u00bb et qu\u2019il reste encore un long chemin \u00e0 parcourir pour obtenir une image compl\u00e8te.<\/p>\n
* Nayfach S, P\u00e1ez-Espino D, Call L et al. Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruses from the human gut microbiome. Nat. Microbiol, 2021; 6: 960-970. https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41564-021-00928-6<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
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