Na analyse van menselijke fecali\u00ebn identificeerden de wetenschappers 54.118 virussoorten, waarvan de meeste bacterievirussen bleken te zijn \u2013 bacteriofagen.<\/p>\n
De laatste tijd groeit de belangstelling van wetenschappers voor de menselijke microbiota \u2013 micro-organismen die op onze huid en slijmvliezen leven en een aanzienlijke invloed hebben op onze gezondheid. De wellicht grootste hoeveelheid symbiotische flora leeft in de menselijke darm: zij is betrokken bij de vertering van voedsel, de bescherming tegen ziekteverwekkers, de rijping van het immuunsysteem en de modulatie van de activiteit ervan, en be\u00efnvloedt zelfs de hogere zenuwactiviteit. <\/p>\n
Tegenwoordig is de menselijke darmmicrobiota het best bestudeerde microbi\u00eble ecosysteem ter wereld, hoewel tot nu toe meer dan 70% van de bacteriesoorten niet in het laboratorium in kweek is gebracht. Dit is bekend dankzij het gebruik van metagenomische methoden \u2013 genetische analyse van materiaal dat uit een bepaalde omgeving is verkregen. De sequentie van het volledige DNA van dergelijk materiaal levert een directe \u201cmomentopname\u201d van alle levende organismen die op een bepaald moment in het monster aanwezig waren. Metagenomica heeft laten zien hoe ver de moderne wetenschap ervan verwijderd is om alle darmbacteri\u00ebn te identificeren en te isoleren, en nog verder van het begrijpen van darmvirussen. <\/p>\n
Wetenschappers gebruikten computerprogramma\u2019s om 11.810 metagenomen van ontlastingsmonsters van mensen uit 24 landen te analyseren*. Hun doel was te bepalen welk aandeel van de genomen van darmbewoners uit virussen bestaat. Het resultaat van de studie was de totstandkoming van de Metagenomic Gut Virus Catalog, die tot op heden de meest omvangrijke bron in zijn soort is. De catalogus bevat 189.680 virale genomen, die meer dan 50.000 virussoorten vertegenwoordigen. Interessant genoeg is meer dan 90% daarvan onbekend voor de wetenschap. Samen coderen zij meer dan 450.000 verschillende eiwitten, die nuttig of schadelijk kunnen zijn voor bacteri\u00ebn en daardoor een bepaald effect op de mens kunnen hebben. <\/p>\n
Het meest voorkomende genetische element in de geanalyseerde faaggenomen zijn de zogeheten Diversity-Generating Retroelements (DGR\u2019s). Zij veroorzaken mutaties in bepaalde doelgenen om in de evolutionaire wedloop met de gastheerbacteri\u00ebn zo veel mogelijk varianten te cre\u00ebren, zodat voortdurend de optimale kan worden geselecteerd. <\/p>\n
Na identificatie moesten de fagen aan de gastheerbacteri\u00ebn worden gekoppeld. Hiervoor maakten de wetenschappers gebruik van de functies van het CRISPR-systeem \u2013 een soort bacterieel immuunsysteem dat virusinfecties \u201conthoudt\u201d en herhaling ervan voorkomt. Bacteri\u00ebn kopi\u00ebren en bewaren fragmenten van virale genen in hun eigen genoom om het virus bij een nieuwe invasie te herkennen en te vernietigen. Aan de hand van deze kopie\u00ebn kan worden vastgesteld welke bacteri\u00ebn in het darmecosysteem als gastheer voor welke fagen dienen. <\/p>\n
Uiteraard werden de meest voorkomende virussoorten in de darm in verband gebracht met de meest voorkomende bacteriesoorten in dit ecosysteem \u2013 voornamelijk vertegenwoordigers van de stammen Firmicutes en Bacteroidota.<\/p>\n
Wat is het nut van onderzoek naar darmvirussen? Een zeer veelbelovend toepassingsgebied van de verkregen informatie is faagtherapie, namelijk het gericht be\u00efnvloeden van de menselijke microbiota met behulp van bacteriofagen. Waar voeding, antibiotica, probiotica, prebiotica en andere moderne benaderingen een algemene, niet-specifieke invloed op de microbiota hebben, kan faagtherapie een subtiele modellering van de samenstelling ervan bieden. Fagen kunnen bijvoorbeeld een effectieve behandeling zijn van een Clostridioides-difficile-infectie, die zich vooral ontwikkelt als gevolg van langdurige antibioticatherapie. <\/p>\n
Hoewel de auteurs al over een schat aan informatie beschikken over virussen die onderdeel zijn van de normale menselijke darmmicrobiota, geven zij toe dat zij slechts een klein deel van dit enorme \u201cuniversum\u201d hebben \u201cleren kennen\u201d en dat er nog een lange weg te gaan is om een volledig beeld te krijgen.<\/p>\n
* Nayfach S, P\u00e1ez-Espino D, Call L et al. Metagenomisch compendium van 189.680 DNA-virussen uit het menselijke darmmicrobioom. Nat. Mikrobiol, 2021; 6: 960-970. https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41564-021-00928-6<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Na analyse van menselijke fecali\u00ebn identificeerden de wetenschappers 54.118 virussoorten, waarvan de meeste bacterievirussen bleken te zijn \u2013 bacteriofagen. De laatste tijd groeit de belangstelling van wetenschappers voor de menselijke microbiota \u2013 micro-organismen die op onze huid en slijmvliezen leven en een aanzienlijke invloed hebben op onze gezondheid. De wellicht grootste hoeveelheid symbiotische flora leeft […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":8680,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_bbp_topic_count":0,"_bbp_reply_count":0,"_bbp_total_topic_count":0,"_bbp_total_reply_count":0,"_bbp_voice_count":0,"_bbp_anonymous_reply_count":0,"_bbp_topic_count_hidden":0,"_bbp_reply_count_hidden":0,"_bbp_forum_subforum_count":0,"footnotes":""},"categories":[],"tags":[],"class_list":["post-8679","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry"],"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/www.phage.help\/wp-content\/uploads\/2021\/07\/darm.jpg","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8679","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=8679"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8679\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/media\/8680"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=8679"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=8679"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.phage.help\/nl\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=8679"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}