Nuevas perspectivas sobre la microbiota intestinal
La microbiota intestinal desempeña un papel fundamental en la salud humana. En la última década, la fracción viral de la microbiota intestinal, compuesta esencialmente por fagos que infectan bacterias, ha cobrado una importancia creciente. Paralelamente al desarrollo de la metagenómica viral, se han descubierto numerosas familias de fagos nuevas. Sin embargo, desde el descubrimiento de los fagos intestinales por d’Hérelle en 1917, nuestra comprensión de la influencia de los fagos en la estructura de la microbiota intestinal sigue siendo escasa. Se han observado cambios en la composición de la comunidad viral en diversas enfermedades. No obstante, actualmente se desconoce si estos cambios reflejan una implicación directa de los fagos en la patogénesis de la enfermedad o si se deben simplemente a cambios en la composición bacteriana. Aquí ofrecemos una visión general del estado actual de los conocimientos sobre los fagos intestinales, su identidad, su estilo de vida y sus posibles efectos en la microbiota intestinal. Además, recopilamos los datos más importantes sobre las interacciones de los fagos con el sistema inmunitario, haciendo especial hincapié en los hallazgos más recientes.
Conclusiones
Durante la última década, la metagenómica viral ha esclarecido la composición taxonómica y la dinámica del componente viral de la microbiota intestinal. La secuenciación profunda y los novedosos métodos de ensamblaje han permitido la descripción de fagos completamente nuevos. Estos enfoques han demostrado, sobre todo, que la composición del viroma es muy variable, y que solo una pequeña parte de los fagos se comparte entre individuos. No es de extrañar que los virus más frecuentes infecten a especies de Bacteroides y Clostridiales, que son dominantes en la microbiota. Paralelamente, los experimentos en animales con una microbiota simplificada permitieron investigar las interacciones antagónicas fago-bacteria en el intestino y han revelado resultados variables. En algunos pares fago-bacteria, el entorno intestinal protege de algún modo a las bacterias, y solo una pequeña parte de las bacterias genéticamente susceptibles es eliminada por sus fagos específicos. En otros casos, la mayor parte de la población bacteriana sensible a los fagos es sustituida en pocos días por mutantes resistentes, lo que indica una infección por fagos muy eficiente. Por lo tanto, sigue siendo difícil predecir qué resultado prevalecerá en la compleja microbiota natural. Se pueden encontrar rastros de depredación por fagos en los genomas de las bacterias intestinales, pero estos rastros podrían deberse a una baja mortalidad inducida por fagos. Una baja depredación por fagos podría, no obstante, ser crucial para configurar la composición y funcionalidad de la microbiota, al influir en la evolución bacteriana mediante la transferencia horizontal de genes, pero también al promover la diversidad bacteriana. En periodos ecológicos más cortos, la influencia de los fagos está menos establecida. En particular, el papel de los fagos en las disbiosis que acompañan a diversos estados patológicos aún no está suficientemente definido. Gracias a los recientes avances en la determinación de pares fago-bacteria, ahora se pueden realizar estudios longitudinales para identificar posibles relaciones entre los desplazamientos temporales en las bacterias y los fagos asociados, y para delimitar si los fagos contribuyen a la disbiosis y a la enfermedad o si, por el contrario, pueden contribuir al mantenimiento de la estabilidad de la microbiota mediante la preservación de la diversidad bacteriana.
También se requieren más estudios para demostrar las posibles interacciones directas de los fagos con las células inmunitarias y para definir si tales efectos directos alteran la composición de la microbiota bacteriana y cómo pueden influir en la salud o la enfermedad del huésped. La definición de los mecanismos que determinan el resultado de las interacciones fago-bacteria en el intestino es especialmente importante para la perspectiva de la fagoterapia, la cual, para citar a Brüssow,125 “es sin duda un enfoque interesante para el problema de la resistencia a los antibióticos y merece una mayor investigación para salir de la confrontación infructuosa entre el entusiasmo de Oriente y el persistente escepticismo occidental”.
Traducción de la fuente: https://www.nature.com/articles/s41385-019-0250-5
