Les bactériophages en clinique
Parce qu’ils pourraient constituer un complément aux antibiotiques, des chercheurs du monde entier travaillent avec les bactériophages, des virus qui infectent les bactéries. Les premières préparations contenant ces agents bactéricides sont déjà en développement clinique. Une étude devrait également démarrer prochainement en Allemagne.
De plus en plus souvent, les thérapies antibiotiques échouent parce que les bactéries pathogènes ont développé des résistances. Avec des conséquences fatales : rien qu’aux États-Unis, environ 23 000 personnes meurent chaque année d’infections causées par des agents pathogènes multirésistants. En 2015, dans l’UE également, environ 33 000 décès étaient imputables à des pathogènes multirésistants, selon une publication récente (DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4). L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a regroupé les douze agents pathogènes les plus dangereux sur une liste en 2017. Outre les souches résistantes d’Acinetobacter baumannii et de Pseudomonas aeruginosa, cette liste comprend également Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus et Helicobacter pylori.
En raison de la grave situation de résistance, les scientifiques recherchent de nouvelles façons d’éliminer les pathogènes dangereux comme ceux-ci. Ici, les virus peuvent devenir des alliés. En effet, des virus spéciaux, appelés bactériophages, infectent de manière hautement spécifique des souches d’une espèce bactérienne donnée, les utilisent pour leur reproduction et les tuent. Ces virus sont présents partout où il fait chaud et humide : dans les mares, les rivières et les mers, mais aussi dans l’intestin des humains et des animaux ou sur les muqueuses. Ce sont les organismes les plus répandus sur Terre.
Dans des cas isolés, les agents bactéricides sont déjà utilisés à des fins thérapeutiques. Ainsi, en mai, une équipe de chercheurs de Londres et de Pittsburgh a rapporté dans la revue spécialisée « Nature Medicine » une phagothérapie personnalisée avec des virus génétiquement modifiés pour le traitement d’une infection à mycobactéries résistantes aux antibiotiques chez une jeune fille atteinte de mucoviscidose (DOI: 10.1038/s41591-019-0437-z). La patiente recevait des antibiotiques depuis huit ans en raison d’une colonisation chronique par Mycobacterium abscessus. Comme le germe ne répondait plus à aucun antibiotique, les médecins traitants ont décidé de rechercher des phages appropriés et les ont trouvés dans une collection de phages : ils ont composé un cocktail de trois bactériophages, dont l’un a été génétiquement modifié pour être lytique, c’est-à-dire pour faire éclater les cellules bactériennes. Grâce au traitement avec ce cocktail, les médecins ont pu rapidement maîtriser l’infection.
Un nouvel élan pour la recherche sur les phages
Des cas isolés comme celui-ci donnent un nouvel élan à la recherche sur les phages. Les phagothérapies étaient très répandues en Europe et aux États-Unis à l’ère pré-antibiotique, mais avaient rapidement perdu de leur importance en Occident avec la découverte d’antibiotiques efficaces. En Europe de l’Est et en Russie, ces thérapies sont encore utilisées aujourd’hui. Depuis l’an 2000 environ, le domaine de recherche a été relancé en Occident, stimulé par la crise des antibiotiques mais aussi par les nouvelles possibilités offertes par les technologies de séquençage, rapporte Charles Schmidt dans un article de synthèse paru dans « Nature Biotechnology » (DOI: 10.1038/s41587-019-0133-z). Des universités aux États-Unis fondent des centres de recherche et créent de vastes bibliothèques de phages. Ainsi, en 2018, le Center for Innovative Phage Applications and Therapeutics (IPATH) de l’Université de Californie à San Diego a été lancé, et depuis 2010, le Center for Phage Technology (CPT) existe à la Texas A&M University à College Station. La plus grande bibliothèque de phages se trouve cependant à l’Université de Pittsburgh. Elle comprend 15 000 isolats, dont 3 000 sont entièrement séquencés. C’est de cette collection que provenaient les trois phages utilisés chez la patiente atteinte de mucoviscidose.
Selon Schmidt, les bibliothèques de phages sont actuellement submergées de demandes pour des patients gravement malades chez qui les antibiotiques ne sont plus efficaces. Si des variantes appropriées sont trouvées, elles peuvent être utilisées avec une sorte d’autorisation spéciale de la FDA (autorité de régulation américaine) en tant que « Emergency Investigational New Drug ». Au lieu de traiter des cas isolés, il y a aussi des efforts pour faire approuver des préparations à base de phages comme médicaments. « Une première vague d’essais cliniques » est en cours, écrit Schmidt.
Dans le développement de tels médicaments, il existe en principe deux stratégies, qui dépendent de la diversité de la bactérie cible : pour les agents pathogènes à faible diversité comme Staphylococcus aureus, on peut développer des cocktails fixes avec trois à quatre phages, qui peuvent être produits et stockés comme d’autres médicaments. Pour les espèces génétiquement très diverses comme Acinetobacter baumannii, cette approche n’est pas adaptée, car il faudrait alors combiner trop de phages qui pourraient interagir entre eux. Ici, une approche individuelle, c’est-à-dire la sélection de phages appropriés pour chaque patient, est nécessaire.
Source et plus d’informations : https://www.pharmazeutische-zeitung.de/bakterienkiller-in-der-klinik/
