Le lait maternel influence le virome / les bactériophages dans l’intestin du nouveau-né

L’intestin des nouveau-nés humains en bonne santé est normalement exempt de virus à la naissance, mais il est rapidement colonisé, ce qui, dans certains cas, entraîne des maladies gastro-intestinales. Nous montrons ici que l’assemblage de la communauté virale chez les nouveau-nés se fait en plusieurs étapes. La coloration par fluorescence de particules de type viral purifiées à partir de méconium ou de premiers échantillons de selles de nourrissons révèle peu ou pas de particules, mais à l’âge d’un mois, le nombre de particules augmente jusqu’à 10^9 par gramme, et ces chiffres semblent se maintenir tout au long de la vie.

Nous avons étudié l’origine de ces populations virales à l’aide du séquençage métagénomique de préparations enrichies en virus et de communautés microbiennes entières par la méthode shotgun, suivi d’analyses microbiologiques ciblées. Les résultats suggèrent que des bactéries pionnières colonisent l’intestin du nourrisson peu après la naissance et que les prophages induits par ces bactéries constituent la population prédominante de particules de type viral pendant un mois.

Après quatre mois de vie, des virus identifiables qui se répliquent dans les cellules humaines apparaissent en plus grand nombre. Plusieurs virus humains étaient plus fréquemment présents dans les échantillons de selles de nourrissons exclusivement allaités que chez les nourrissons partiellement ou entièrement nourris au lait maternel, et parallèlement, il a été rapporté que le lait maternel peut protéger contre les infections virales. Les populations de bactériophages différaient également selon que le nourrisson était allaité ou non. Nous montrons que la colonisation de l’intestin du nourrisson se fait par étapes, d’abord principalement par des bactériophages tempérés induits par des bactéries pionnières, puis par des virus / bactériophages qui se répliquent dans les cellules humaines ; cette deuxième phase est modulée par l’allaitement.

Traduction de la source :
Liang, G., Zhao, C., Zhang, H. et al. The stepwise assembly of the neonatal virome is modulated by breastfeeding. Nature 581, 470–474 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2192-1