Les bactériophages influencent le microbiote intestinal
« L’écosystème de notre intestin est encore plus complexe qu’on ne pourrait l’imaginer, comme le révèle une étude : il y foisonne non seulement des bactéries, mais aussi des virus qui les infectent. Grâce à des analyses génétiques, des chercheurs ont identifié des milliers de nouveaux représentants de ces virus, appelés bactériophages. Ces résultats constituent désormais la base d’une base de données sur les virus du microbiote intestinal, destinée à l’étude de leur rôle dans la santé humaine. » L’intestin, en tant qu’habitat, est de plus en plus au centre de l’attention scientifique : les bactéries qui colonisent notre tube digestif se sont révélées ces dernières années comme les acteurs clés de notre santé. La composition de cette communauté microbienne influence le système immunitaire, le métabolisme et de nombreux autres aspects de la santé. Les caractéristiques du microbiote intestinal d’une personne sont déterminées par divers facteurs. Cependant, l’un d’entre eux est resté relativement peu exploré jusqu’à présent : l’influence des agents pathogènes des bactéries intestinales. Car, tout comme le coronavirus et d’autres nous infectent, certains virus s’attaquent également aux microbes. Ils sont appelés bactériophages – des « mangeurs de bactéries ».
Des minuscules qui infectent des nains
Comme tous les virus, ce sont aussi des « pirates de la vie » : ils n’ont pas de métabolisme propre, mais exploitent la vitalité de leurs cellules hôtes. De nombreux bactériophages possèdent des structures en forme de pattes qui leur permettent de s’attacher à la surface des bactéries. Ensuite, ils injectent le matériel génétique stocké dans une tête dans les cellules. Ils les transforment ainsi en usines à virus qui produisent de nouvelles particules jusqu’à l’effondrement. Les bactériophages libérés partent ensuite à la recherche de nouvelles victimes. De cette manière, ils peuvent fortement influencer les populations de bactéries et contribuer également au développement de modifications génétiques. Il existe même déjà des approches pour utiliser des phages spécialisés sur certaines bactéries afin de lutter spécifiquement contre les maladies infectieuses.
Il est connu depuis longtemps que même les bactéries inoffensives ou « amies » de l’intestin humain sont infectées par certains types de phages. « Cependant, l’étendue de la diversité virale dans l’intestin humain est restée largement inconnue », écrit l’équipe de chercheurs dirigée par le Wellcome Sanger Institute de Hinxton. C’est pourquoi les scientifiques ont maintenant systématiquement exploré la biodiversité virale à l’aide de la métagénomique. Cette technique d’analyse comparative de l’ADN a permis de rechercher les agents viraux dans les données génétiques de plus de 28 000 échantillons de microbiote intestinal humain et de près de 3 000 génomes d’isolats bactériens.
Ça grouille
Comme le rapportent les scientifiques, ils ont identifié un total d’environ 140 000 espèces virales présentes dans l’intestin humain, dont plus de la moitié étaient encore totalement inconnues. Parmi elles se trouvent également des virus qui possèdent apparemment une histoire évolutive commune spécifique. Les scientifiques ont maintenant donné à ce groupe le nom de « Gubaphages ». Ils ont constaté que leurs représentants sont les deuxièmes virus les plus fréquents dans l’intestin humain, après les crAssphages. La question de savoir quel rôle les Gubaphages nouvellement découverts jouent dans l’écosystème intestinal reste ouverte.
« Il est fascinant de voir combien d’espèces inconnues vivent dans notre intestin et d’essayer de déchiffrer le lien entre elles et la santé humaine », déclare le co-auteur Alexandre Almeida du Wellcome Sanger Institute. « Il est important de souligner que tous ces virus ne sont pas nécessairement problématiques, mais constituent une partie intégrante de l’écosystème intestinal. Cela est également évident du fait que les échantillons provenaient principalement de personnes en bonne santé qui ne présentaient aucune maladie spécifique », ajoute le scientifique.
Les chercheurs ont également utilisé les informations sur les plus de 140 000 bactériophages comme base pour le développement d’une nouvelle base de données pour la science : ils présentent la « Gut Phage Database » accessible au public. Les génomes qu’elle contient peuvent désormais servir aux scientifiques pour étudier l’importance des « mangeurs de bactéries » pour les microbes en nous et, par conséquent, pour notre santé. « Un aspect important de notre travail était donc de s’assurer que les génomes viraux reconstruits étaient de la plus haute qualité », déclare le premier auteur Camarillo-Guerrero du Wellcome Sanger Institute. Son collègue Trevor Lawley conclut : « Le nouveau catalogue des virus dans l’intestin humain arrive à point nommé pour servir de guide dans les futures études. »
Source : https://www.wissenschaft.de/gesundheit-medizin/tausende-virenarten-der-darmflora-entdeckt/
